Spira... un monde autrefois florissant, habité par une civilisation avancée prônant l'utilisation des machines.
Puis Sin arriva, il y a mille ans. cette menace immortelle créa un cycle de destruction sans fin sur cette terre et anéantit les progrès de la civilisation. Les préceptes de Yevon apportèrent quelque réconfort aux habitants terrifiés de Spira, mais l'utilisation des machines fut bannie. La plupart des habitants acceptèrent ainsi de sacrifier le progrès contre un sentiments de sécurité et la civilisation finit par stagner.
Les Invokeurs devinrent le seul espoir de Spira, car eux seuls avaient le pouvoir d'arrêter Sin même temporairement.
Le jour où elle devient Invokeur, Yuna, une jeune fille de dix-sept ans, le rencontre. Ce jeune homme prétend venir de Zanarkand, alors que cette ville a été détruite il y a mille ans.
En écoutant ses paroles, Yuna comprend que leur rencontre est l'oeuvre du destin. Son père, Braska, a été un Invokeur avant elle. Jecht, un homme devenu le gardien de Braska affirmait lui aussi venir de Zanarkand.
Le jour suivant, Yuna et ses gardiens Kimahri, Wakka et Lulu se lancent dans un long périple dans le but d'anéantir Sin à jamais.
Lui aussi décide d'accompagner Yuna et devient rapidement un de ses gardiens. D'autres individus les rejoignent: un homme du nom d'Auron, autrefois gardien de Braska et une jeune Al Bhede nommée Rikku. Le pélerinage reprend alors son cours...
Yuna et ses compagnons traversent de nombreuses épreuves. L'Opération Mi'ihen est lancée afin d'arrêter. Sin à l'aide des machines, mais c'est un échec. Seymour Guado, un maitre de Yevon révèle ses projets machiavéliques. Yuna et son clan arrivent enfin aux ruines sacrées de Zanarkand. Ils aprennent alors que le seul moyen de vaincre Sin est l'invocation Finale.
Mais ce que Yuna découvre ensuite est tout autre. Sin ne peut être réellement détruit à l'aide de l'invocation Finale. Ni maintenant, ni jamais.
Cid, le père de Rikku, embarque Yuna et ses amis à bord de son vaisseau. Notre équipe part alors à la recherche d'une autre solution pour vaincre Sin. Après avoir découvert toute la vérité sur Sin et les préceptes de Yevon. Yuna et ses amis réussissent enfin à éliminer Sin. Mais cette victoire entraîne inévitablementsa disparition. Un lourd tribut à payer, mais qui permet à Spira de retrouver la paix et la sérénité qui régnaient avant le régime de terreur de Sin.
En se remémorant les nombreux souvenirs de ce voyage, Yuna parle aux habitants de Spira:
"Les personnes et les amis que nous avons perdus ou les rêves qui sont envolés...
Ne les oubliez jamais."